Имя Василия Костарева получило научно-исследовательское судно Всероссийского института рыбного хозяйства и океанографии, выполняющее работы в дальневосточных морях. Торжественная церемония переименования бывшего "Зодиака" прошла в магаданском центре "Маяк", где собрались коллеги и друзья ученого. Василий Костарев с 1965 по 1997 год возглавлял Магаданское отделение института и внес большой вклад в развитие рыбохозяйственной науки на Колыме.