Автор романов "Взятие Измаила", "Венерин волос", "Письмовник", книги-эссе "Русская Швейцария". Практически все его произведения отмечены литературными премиями. Проза Шишкина тесно связана с традициями русской классики. В поэтике своих произведений писатель целиком принадлежит нашему времени. Сложная стилистика его произведений как будто вырастает из традиции русской классической литературы.