Полный геном арабики поможет сохранить любимые во всём мире сорта кофе
На долю кофейного дерева аравийского (Coffea arabica), или арабики, как мы привыкли его называть, приходится около 70% общемирового объёма производства кофе. Как и многие другие растения арабика подвержена болезням, которые могут поставить под угрозу урожайность и качество конечной продукции.
Как уже было не раз доказано, секреты эффективной защиты следует искать в геноме. И вот, наконец, команда исследователей из Университета Калифорнии в Дэвисе определила полную последовательность "букв ДНК" для арабики.
Напомним, что в 2014 году другие учёные уже секвенировали геном ещё одного вида кофе – робусты (Coffea robusta), который гораздо меньше распространён, чем арабика, и имеет более низкие качество и стоимость.
Исследователи использовали генетический материал (ДНК и РНК) от 23 деревьев сорта Гейша, известного своими уникальными ароматическими качествами. Все они произрастали в Калифорнии на плантациях к северу от Санта-Барбары. Кроме этого для сравнения были отобраны образцы от 13 деревьев других сортов арабики.
Секвенирование по новейшим методикам позволило выявить геномную последовательность из 1,19 миллиардов пар оснований, что всего в три раза меньше, чем у человека. В общей сложности также было выявлено порядка 70830 генов. Эти данные среди прочего позволят выявить гены и молекулярные пути, ответственные за те или иные качества кофе (вкус, аромат и устойчивость к болезням).
Интересно, но оказалось, что аравийское кофейное дерево представляет собой гибрид робусты и близкого к нему растения вида Coffea eugenioides. Из-за этого арабика имеет четыре набора хромосом, а не два, как большинство других растений.
Результаты работы были представлены на Конференции по генетике растений и животных, прошедшей в Сан-Диего (Plant and Animal Genome Conference).
"Раскрытая нами последовательность генома арабики содержит важнейшую информацию для разработки высококачественных и устойчивых к болезням сортов кофе, которые смогут адаптироваться к изменениям климата, ожидаемым в ближайшие тридцать лет", — рассказывает один из ведущих авторов исследования Хуан Медрано (Juan Medrano) в пресс-релизе университета.
В настоящее время полный геном арабики размещён на сайте Phytozome.net и доступен для немедленного использования учёными, которым не безразлична судьба любимого многими напитка.
